1899年（明治32年）5月20日、ギリシャと日本の間で「ギリシャ・日本修好通商航海条約」が締結され、両国の間で正式な外交関係が始まった。
この修好通商航海条約は、当時ギリシャの外務大臣アソス・ロマノス氏（1858‐1940）と日本の牧野伸顕（まきの のぶあき）公使がアテネで共同調印し、同年6月7日にギリシャ議会により批准されたもの。牧野公使は当時、駐オーストリア特命全権公使としてその任にあたっていた。
これ以降、海運国であるという共通点をもつ両国では、海運、造船をはじめ、文化・芸術、そして東京オリンピックにおける協力関係に至るまで、120年以上に渡り良好かつ友好的な関係を維持し続けている。